Dependiendo de la LGAC en la que el estudiante decida especializarse y una vez cubiertos los primeros 30 créditos académicos de las AFB del Programa de Maestría en Ciencias Físicas el Comité Académico nombrará un Comité Tutorial adecuado a la Línea de Generación y Aplicación del Conocimiento elegida por el estudiante para que le asigne las AFE en función de las características e intereses del estudiante, dicha tira de asignaturas ha sido definida por los CA para darle soporte a las LGAC que cultivan. Estas asignaturas significan entre 20 y 30 del total de créditos académicos necesarios para obtener el grado de Maestría en Ciencias Físicas.
En el segundo año de su estancia dentro del Programa Académico el estudiante deberá cursar la asignatura de laboratorio de Física contemporánea, con el fin de garantizar que desarrolle actitudes y habilidades multidisciplinarias, y pueda desarrollar una correcta vinculación teórico-experimental. Esta asignatura otorga 5 créditos académicos, y se desarrollará dentro de los laboratorios de investigación con que cuenta la Unidad Académica de Física, o en instalaciones destinadas para este fin específico.
Espacio dedicado a la preparación y aprobación de la tesis o, en su caso, a la elaboración de artículos científicos. El tema de cada estudiante deberá estar vinculado directamente con la Línea de Generación y Aplicación del Conocimiento a la que está asociado. El seminario se evalúa con la defensa ante el comité tutorial y el comité de tesis del trabajo realizado, sea tesis o artículo de investigación. En este último caso, es necesario presentar la constancia por escrito de su aceptación para su edición en alguna revista indexada. La calificación se expresa mediante las opciones aprobado / no aprobado. En caso de aprobado, se otorgan 15 créditos académicos. El comité de tesis quedará integrado por cinco docentes-investigadores, y se debe satisfacer lo siguiente: tres de ellos deben de pertenecer al área de conocimiento en que se realizó el trabajo, uno de los cuales debe ser el asesor, otro debe de pertenecer a un área diferente, y el último debe de realizar la actividad complementaria a la que se realizó el trabajo de tesis (teórico o experimental).